სამაგისტრო ნაშრომის სტრუქტურა განსაზღვრულია  დოკუმენტში  ,,თბილისის სახელმწიფო სამედიცინო უნივერსიტეტის მაგისტრატურის დებულება“ (თსსუ-ის აკადემიური საბჭოს 2012 წლის 7 მაისის №24/5 დადგენილება).

სამაგისტრო  პროგრამა  ითვალისწინებს  სტუდენტის/მაგისტრანტის  მიერ  სამაგისტრო ნაშრომის  ხელმძღვანელის  მეთვალყურეობით  ისეთი  კვლევების  ჩატარებას, რომელთა საფუძველზეც იგი შეძლებს საკვალიფიკაციო ნაშრომის წარდგენას

 საკვალიფიკაციო   ნაშრომის სტრუქტურა ითვალისწინებს შემდეგ კომპონენტებს:

• ლიტერატურის მიმოხილვა;
• კვლევისაქტუალობა;
• მიზანი;
• ამოცანები;
• კვლევის საგანი;
• კვლევის მეთოდები;
• კვლევის შედეგები;
• დასკვნები;
• გამოყენებული ლიტერატურის ნუსხა.

საკვალიფიკაციო ნაშრომის დიზაინი – სტანდარტი: 

• სამაგისტრო ნაშრომის წარმოდგენის ფორმატი: ნაბეჭდი MS WORD, A4,
• ფონტის ზომა – 12;
• ინტერვალი – 1,5;
• ტექსტის დაშორება გვერდის ზედა და ქვედა კიდიდან – 2,5 სმ,
• ტექსტის დაშორება მარჯვენა კიდიდან – 1 სმ, მარცხენა კიდიდან – 3 სმ.
• ნაშრომის მოცულობა უნდა იყოს არანაკლებ 30 გვერდისა.

ნაშრომს  უნდა  დაერთოს  მაგისტრანტის პუბლიკაციები  (ასეთის  არსებობის  შემთხვევაში)